一九九八普世教協向全世界提出的「眾教會與婦女團結十年，1988-1998」即將結束，教會為了能使婦女意識更加提昇，成為服事的根基與動力，並繼續推動此一普世性之運動，遂於當年設立「兩性平權十年」（1998-2008年）的運動。這十年重要的事工如下：

        兩性平權小組於二000年八月向總委會提出有關兩性平權實施之具體方案，總委會也議決通過。總會也發文請相關單位配合兩性平權教育，其內容包括：1. 傳教師在職進修部分，主要是請各神學院在每三年內舉辦一次以兩性平權為主題的神學講座。神學院也響應此一計劃，例如台神就於二00七年十一月的馬偕講座，邀請國際知名聖經學者Phyllis Trible博士，演講「如何和聖經摔跤──從婦女和修辭學的觀點詮釋聖經」。另外，傳教師在職訓練課程七十二個小時中，也當將兩性平權課程列為必選。2. 長執訓練方面，每一任長執的十二堂課程中，至少一次必選「兩性平權」課程。3. 在教育方面，包括請總會屬下三間神學院及聖經學院，把「兩性平權課」程列為必修。我們也看到一些成果，例如台神有鄭仰恩老師、曾宗盛老師，南神有吳富雅老師，玉神有陳文珊老師、邱淑嬪老師開過與婦女神學相關的課程。另外，總會屬下各事工委員會，每年需將「兩性平權」納入年度事工。4. 教育委員會在主日學教材中繼續納入兩性平權的思想與實踐。

        第四十八屆總會通常年會通過「女性參與總會決策至少1/5」條款之修訂。不過雖然有此條款，但我們也看到一些事業單位並沒有達到1/5條款之要求，例如馬偕醫院和新樓醫院。因此如何落實這1/5條款，實在是教會該努力的方向。

        兩性平權小組於2006年向總委提案「兩性夥伴信仰宣言」，並於2007年的總會通常年會中將其交付表決。令人遺憾的是，表決的結果是否定的。今年（2008）年的總會通常年會，將會再一次表決「兩性夥伴信仰宣言」。盼望與會的牧長能體會此宣言之精神和目的，表決通過此項宣言。

        在活動方面，兩性平權小組於一九九九年十一月假新竹聖經學院舉辦全國性「兩性平權教育講座」，共有六十七人參加，並發表「兩性平權教育講座聲明與行動」。

        二00一年二月兩性平權小組於中央研究院舉辦種子部隊訓練會，主題是耶穌與媽祖：西方白人V.S.台灣婦女。共有卅三人參加，會後並發表一份行動<