搬遷前史
本宗向來深具歷史意識，從十九世紀的福音開拓時代，宣教師和本地信徒即致力保存教會文物，藉此汲取經驗、回顧恩典。1951年台灣基督長老教會總會成立，繼續收集史料，但因初期資源不豐，行政更迭變化，這批寶貴文物曾在南北顛沛流離，期間建築傾頹、風雨摧殘，甚至珍品被盜，處境堪慮。後於1987年暫放長榮中學校史館至今。
籌建呼聲
事實上，文物維護必須持續投入心力，資料的校勘蒐審更應有專責單位，才是正確的方向。2003年，因文化意識揚升，又有一些資源契機，教會界再次呼籲籌設新館，過程幾經波折。後來，總會教會歷史委員會持續努力，2013年終獲台南神學院董事會同意及總會常置委員會接納籌建小組報告，歷史檔案館得以與南神黃彰輝紀念圖書館共同建造。2017年3月共構建築動土，由宏昇／新雄營造公司負責統包工程。
硬體簡介
本館座落台南市東區青年路360-25號（入口在新樓街37巷旁），建築總經費為4,000萬元。樓地板上下各約80坪，一樓為行政與閱覽區，包括接待櫃台、展示..架、閱讀區、會議室、研究室、辨公室等；二樓則是檔案庫房，牆面皆為特殊庫鈑，配置全時控制的恆溫（18℃）恆濕（45%）系統、軌道移動式密集檔案櫃、冷凍除蟲預留機房及獨立發電機，整體架構比照行政院國發會檔管局之標準，並於2019年4月取得使用執照，7月驗收完畢，11月20日舉行啟用感恩禮拜。
館藏概述
本館主要收藏為十九世紀迄今之洗禮簿、議事錄、紀念刊、書信地契手稿、漢羅英日語之古籍、珍本聖經聖詩、照片地圖、人物檔案等；並有器物200餘件，包括台灣第一部印刷機、升降機、銅雕木刻版、教會古匾、原住民文物等。2017年，賴永祥長老更捐贈文書3,000餘冊，充實館藏。本館目前配置二名專職人員，根據檔案學概念，以原始序列和全宗原則編目，典藏受贈文書。未來將上線數位典藏目錄，透過申請手續，在合理範圍內開放圖文，裨便各界研究閱覽，並對教會或機構提供史料勘
驗、史籍編纂、文物保存及展覽推廣之諮詢服務，亦歡迎各界捐贈或託管資料。2019年專案計畫包括議事錄暨賴永祥文庫數位典藏、文物修護整飭、館藏常設暨巴克禮特展、台灣世界記憶國家名錄、教會文物普查、史料保存與應用研習會等。
本館與婦女事工相關文獻頗多，包括南北女學、婦學、女宣道會、婦女團契與總會婦女事工委員會之歷史資料、出版品、老照片及研究論文等，紀錄婦女在宣教事工的重要角色。器物包括馬偕收藏之三寸金蓮繡花鞋、清代著名文人林朝英手書古匾「母道偕子道並著，立功與立德齊觀」等藏品，見證女性身體意識的轉變與自我形象的提昇。
歷史意識
聖經就是一部回首足跡的救恩史。眾人皆知歷史之重要，其關乎基督徒身分認同的深層概念，惟歷史之根則在於史料文物的收集、整編、詮釋及研究。盼望我們真正成為一個「有歷史感」的教會，讓歷史檔案館成為全體台灣基督長老教會凝聚共同意識的焦點。
尤其重要地，在傳統教會以男性為主體的結構中，女性如何自我超越，跳脫既有的限制，轉而自由地參與和發展關係，與女性的整全靈性特質有緊密關聯。無論如何，女性在宣教事工上扮演舉足輕重的角色，那一雙雙溫柔而堅毅的推手，是促進教會前進與革新不可或缺的力量。
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