五百年前馬丁‧路德扣動了宗教改革的扳機，接踵而來的是各種不同的神學主張與信仰認知相互崢嶸的場景，如雨後春筍般冒出的教派（或標榜「獨立」於教派外的教會）互相競爭又彼此合作，也著實讓許多人眼花撩亂。
在各教派之間，除了信仰認知、儀式採用的差異之外，組織體制上的差異也是一大特色。就教會的組織體制而言，可以粗略地分成三大類：監督制、代議制、會眾制。不管採用何種制度的教會都深信自己的體制是最好的，所謂最好就是最能滿足教會存在的目的。若說，教會是上帝的教會，那麼教會的體制就是為了滿足這個命題的要求，即：透過體制的運作，讓人的教會成為上帝的教會。換句話說，就是讓上帝的心意有效地呈現在教會裡。
制度的差異
監督制（或稱主教制）強調的是獲得職分的人擁有更高的靈程，能夠比一般人更能明白上帝的心意，因此所有的人必須順服在他／她的權柄之下，聽從教導。另一端則是會眾制，這樣的教會反對任何造成階級的職分，認為在上帝的面前所有人都平等，祂的啟示也普遍存在所有人的心中，因此教會裡所有的事應由會眾一起決定。但無論前者還是後者，都有落入單點決策的危機。前者的單點決策乃是體制上的必然，而後者則是因為所有事情共同決策的窒礙難行，加上團體中即便沒有名義上的領袖，還是會由具有魅力特質的人自然成為領導者，久而久之仍會走向單點決策。
而長老宗所採用的代議制正是為了避免教會中的單點決策所產生的制度，這樣的教會強調代議、共和，也就是由會眾選出代表組成議會，經由議會共同的決議來治理教會。在現行長老教會的體制運作中，議長（無論是地方教會的小會、地區性的中會、或全國的總會）都只是召開、主持議會的人，而不是最後的決策者，所有合法的行動都得按照議會的議決。
這樣的制度的神學基礎源自加爾文對教會治理與職分產生的看法。加爾文在他的《基督教要義》的第四章，提到教會的治理時，說：「主才有權在教會施行管理統治，但祂既不是有形地住在我們當中，而是用人來供教牧的職分，做祂的代表，並非將自己的職權、尊榮轉讓給他們，乃是藉著他們的口舌來做祂的工，恰如一個技師用工具來做他的工一般。」因此，議會最主要的目的是：落實主的管理統治。而關於職分（加爾文認為教會中的職分有牧師、教師、長老、執事）的產生則有兩個不可分割的要素，分別是「上帝秘密的聖召」以及「眾人的認可」（選舉）。
落實基督的治理
議會乃是由獲得職分的人所組成，成為治理的實體，但所要完成的並非人的治理，而是落實基督的治理。但怎樣才能達成這樣的目的呢？首先，我們得從加爾文所深信職分產生的想法著手。對現代習慣民主制度運作的基督徒而言，選舉是整個制度最顯著的部分，也因此誤以為教會的代議制就是民主制度。可是，長老教會的選舉雖然比現代民主制度的施行更加久遠，卻未能像民主政治般地以「罷免」做為選出不當的人選後的救濟手段。長老教會只有選舉沒有罷免，正是加爾文神學的實踐，因為選舉的結果理當是上帝旨意的實現，自然不能再以罷免的方法加以否決。
在加爾文職分產生的想法中，眾人的認可（選舉）是為了讓上帝秘密的聖召顯明出來的手段，因此長老教會的選舉不應被摻入人為的操作，否則就是以人的意思企圖取代上帝的心意，而人想扮演上帝的慾望正是聖經裡最被指謫的罪。但反觀今日長老教會中各級的選舉卻充斥著人為運作，甚或聽見換票的傳聞，顯然是把教會內的選舉看成民主政治中的競選活動。
要讓教會真正為基督所治理，就得從組成議會的職分的產生做起，唯有按照制度設計的精神來運作，才不致濫用。也就是說，每當教會內有選舉時，具有投票權的信徒所該做的並不是勤打電話聯絡，或為某個人當運動員拉票，而是勤於禱告，尋求上帝的心意，並按照心中的感動誠實地投下自己的票。這種制度的設計就是認為上帝會將選召的感動放在每個會員的心中，而我們藉著收集所有的感動的結果來認識上帝在我們教會中的心意。
若我們按照這樣的精神來選出上帝所賦予職分的人，接下來就是由這些人組成議會來治理教會。同樣地，所組成的議會若要成為基督治理教會的工具，相同的原則也必須被用在議會的議事當中。代議貴在「共和」，不是由單一的「王」來決定。不同的想法、意見、認知在議會中互相激盪、彼此說服，以獲致共同的決議。要組成如此的議會，獲得職分的人必須具有相當程度的信仰認知，不能只是「順服牧者權柄」的跟隨者。因此，若要讓長老教會的議會真正產生功能，牧師的工作便不是在提供答案，而是不斷透過教育讓長老具有與牧師討論、甚至辯論的能力，不論是神學或是治理教會的事務。
在宗教改革的進程中，長老教會捨棄監督制與會眾制，選取代議制做為教會組織上的體制，為的就是要避免單點決策所帶來的災難。可惜的是，歷經幾百年的運作，長老教會在職分的產生上，被民主政治的觀念所同化，逐漸習慣以人為運作的方式來進行選舉，而忘記了教會中選舉機制的設計是為了讓上帝的選召顯明出來，這是現今教會的危機。再者，獲致職分組成議會的成員在「順服就是蒙福」、「順服牧者的權柄」這樣的教導下，一切以牧師的想法為依歸，忘記身為議會的成員應當盡力尋求上帝的心意，並培養自己具備議事的能力，否則當議會淪為一言堂，就成了特定成員手中的工具。
體認人的有限
的確，長老教會期待議會所治理的教會能成為基督真正治理的教會，但不表示議會不會犯錯（或做出錯誤的議決）。為了達到這樣的目的，除了避免成為一言堂之外，其中的成員更應該體認自己身為人的有限性。即便我們努力尋求上帝的心意，但基於人的有限性，我們卻只能看見特定的面向，而不是真理的全部，因此議會的成員都得學會為自己留下犯錯的空間。特別是在議會中那些常和自己意見扞格的人，更要學會以感恩的態度彼此對待，畢竟那是上帝在議會中所賜下的另一雙眼睛，幫我們看見那原本看不見的面向。
身為長老教會的一員，參與在代議體制的運作中，若不能認識整個體制所依據的信仰精神，便無法讓體制有最適切的運作。長老教會的代議制並非為突顯「民主」，而是彰顯「基督為主」的體制。若不能在聖靈的帶領下運作，反而以更多的人為操作介入其中，實在有愧於信仰前輩在創立這個體制的遠見。
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