提起教會創立直接關係，就是於明治四十三年(一九一０)海埔地區有一位信徒楊當、楊鑒在海埔信主，(根據一九六０年總會年鑑、海埔教會慶祝七十週年所撰寫教會沿革記載)，楊當是因患病前往台南府城新樓醫館就醫而得道理，因海埔地區迷信，致到受逼害，而每主日前往台南亭仔腳(太平境教會前身)參加禮拜，而後就與大甲的盧宰、宋保生、張田與海埔的李萬生、黃群等同信主。

最初於一九一０年教會設立於大甲，由太平境教會的長執與神學生來主持講道，一九一二年八月因為大颱風大甲教會倒毀，後雖有重建繼續聚會，但因教會內熱心的信徒遷出，而參加者日漸減少，又因海埔的信徒若在兩期就要涉水過溪，婦幼老人頗為不便，又有危險，而有意計劃在海埔建立教會。後購買湖內鄉海埔1343號地(今湖內鄉海山村仁愛街48號)準備建堂，其占地0.1445甲（約424坪)，當時土地及建築物之所有權人皆登記於曾坐名下。1912年10月，林茂榮傳道師任內，以魯古石屋頂覆蓋紅瓦，建造新的禮拜堂。

根據英國母會機關報一九一四年一月廿五日，宣教師廉德烈牧師向英國母會提出報告的資料說：「咱在遠東的宣教區台灣的海埔，該地區在台南府城南方約十英哩的一個村莊，當地己經有人信主有在該地聚會約三、四年了，當地信徒以前是到靠近台南的一個村莊(大甲)聚會，但是須渡過一條溪，克服泥濘的路面，十分不便又危險，海埔的婦女、老人和孩子不能參加聚會，因此他們在海埔蓋一間簡陋的茅草屋頂的房子，大約能容50人聚會，他們就在海埔自己做禮拜。偶而得到大學(台南神學院)的學生或台南的長老的協助，但是會眾數目增加非常快，甚至已經比母會(大甲)人數還多。」廉德烈牧師於一九一三年九月卅日報告英國母說：「我上禮拜六去海埔，我為了他們的熱心非常歡喜，許多兒童大聲讀字母或吟聖詩，聲音雖不像唱歌，至少是非常悅耳的歡聲。那間禮拜堂在禮拜天擠得滿滿的，擠到門口，許多人擠不進去，我想必定有120人或130人參加聚會。現在他們著必須建造一棟永久性的禮拜堂，蓋一座能容納200人的禮拜堂，大約要1500或1600圓(約170英鎊)，英國母會樂意撥四分之一的費用。他們已收到本地人奉獻，其中有一筆一百圓的奉獻是埔里鳥牛欄教會的牧師曾持衡牧師奉獻的，他是海埔人，我認為也是海埔第一位歸主的信徒。」

1930年成立高雄中會，屬於高雄州的海埔庄的海埔教會便劃屬於高雄中會，也由原先隸屬太平境教會之支會改為隸屬岡山教會的支會。

1948年3月28日召開和會，在會中，會友建議建造新的禮拜堂， 但因當時信眾大多經濟拮据，無法於短期內籌措大筆的建堂資金 ，因此當時的主日學校長盧棟建議採取三年或五年之儲蓄計畫 ，累積建堂的資金。

1953年12月1日舉行獻堂典禮。1955年至1964年年間，海埔教會分出三個支會，其分別為：於1955年10月10日分出湖內聖教會，於1958年1月15日分出太爺長老教會，於1964年5月4日分出大湖長老教會；另有部分信徒因住三塊寮，海安教會成立時，移往海安教會聚會。

將近五十年後，教會因周日夜間之禮拜取消，信徒多集中於周日上午作禮拜，因此周日上午禮拜的人數暴增兩倍之多，狹小的禮拜堂便不敷使用，於是著手建立新的禮拜堂的各項籌備事宜。西元2000年開始與教會互動討論教堂及副堂建築設計，2003年完成第四次建堂。

文章及圖片來源：高雄中會海埔教會