由英國宣教師巴克禮牧師夫人，為特別關心新樓醫院工作人員，以及在宣教師家中擔任傭人們的信仰生活，借用台南神學校教師宿舍舉行夜間聚會，開設佈道所。三年後成為太平境教會之支會，十八年後，於1921年3月9日昇格成為堂會。

台南東門教會的歷史可劃分為四個時期。第一期為「創設期」(自1903年創立至1926年完成獻堂止)。第二期為「建設期」(自1927年至1944年光復前止)。第三期為「轉變期」(1945年自光復後至1970年止)。第四期為「現代期」(自1971年至今)。在創設初期，牧會者均為英國宣教師兼任，這些宣教師都是神學校的院長、教授。這時期不僅熱心宣教，也對當時落伍的不良風俗如纏足、吸鴉片、娶細姨等大力改革。在第二時期的建設時期，完成大禮拜堂的建設(這是當時南部最大的禮拜堂)，並購買對面幼稚園土地一千多坪。這時期較注重主日學的建設以及長榮中學、長榮女中住宿生的學生傳道工作。學生每主日參與本教會禮拜的活動，直到1972年才改在長榮女中禮拜堂聚會。在這段時期經歷中日戰爭及二次大戰的砲火，信徒生活困苦及受壓迫。在第三時期的轉變時期，漸漸以學生為中心的傳道轉變為以社區為中心的傳道，並走過P.K.U(倍加運動)的十年，注重全家歸主運動。在第四個時期的現代時期，比較注重對社會的關懷及鄉土的愛護，1997年8月，教育大樓落成起用後，發揮教會更大的功能，發展松年大學及社區宣教的事工。

因位處於新樓醫院，台南神學院、長榮中學及長榮女中之間，故104年來，與這些學校醫院之間關係非常密切。可以說東門教會是這些學校的場地，這些學校則是東門教會的資源。

本教會，共分設七間教會，另一間共同開拓。最早是1933年，為慶祝設教三十週年，分設「高砂町佈道所」(即南門教會)。1936年，宋尚節博士來會佈道，興起傳福音熱忱而分設「後壁厝佈道所」(即仁德教會)。1956年，分設「後甲教會」。1961年分設「東寧教會」，以向大專師生傳福音。1976年，認養台南中會傳道部開設的「富強教會」。1987年接納「長榮教會」為支會。設教九十週年時，再分設一間德光教會。這七間教會分設後，各個教會都非常壯大，這是母會的光榮。歐進安牧師曾這樣形容東門教會：「東門親像一隻老母雞，雖然落毛，猶久會生蛋」。這實在是上帝的恩典。此外，2000年5月，以合作方式認養手語教會，提供東門幼稚園美術教室作為主日禮拜之場所，每月另補助經費5,000元。2001年5月起，與台南市六間教會共同開拓「湖美教會」，2001年8月起，支援台南大專學生中心一名專職傳道人每月之謝禮。這都是很美的見證。

在過去的歷史中，東門教會創造了不少教會歷史上的第一。例如：(1)在清朝時代，首先提倡改革當時的不良風俗，如纏腳、娶細姨、吸鴉片等。(2)這間禮拜堂在1926年落成時，是台灣最大間的教會，可容納500人以上。(3)台灣第一間設立女長老的教會，她們是龔瑞珠和潘蘇秀二位女長老，於1926年設立。(4)最早關心學生傳道的教會，並經營學舍施行學生宗教生活訓練。(5)1927年成立聖歌隊（當時稱東門教會讚美團），由長榮中學和長榮女中學生當中特選音樂成績優良者所組成，這是當時南部教會首創和人數最多的聖歌隊，外國人稱台灣教會為「歌唱的教會」（Singing church）從此而來。(6)台南中會首任議長係本堂首任牧師，即黃俟命牧師於1930年當選台南中會議長。(7)台灣第一間聘有二位牧師牧會的教會，即1930年黃俟命牧師在任中，增聘潘道榮牧師為副牧。(8)台灣教會第一張鉛印週報：東門教會週報於1932年元月出刊。(9)本會出身之黃彰輝牧師於1949年就任台南神學院院長，這是第一位台灣人的神學院院長。(10)台灣基督長老教會第一位海外宣教師陳效贊牧師（父為陳金然牧師）係本教會出身，於1959年派往北馬登嘉樓宣教。(11)一間教會有三人四次擔任總會議長，這也是台灣教會唯一的紀錄，他們是：黃彰輝牧師擔任第4、12屆總會議長，歐進安牧師擔任第8屆議長，陳博誠牧師擔任第32屆議長。(12)1997年8月本教會出身宋泉盛牧師(曾經擔任台南神學院院長)當選世界歸正教會聯盟(W.A.R.C)的主席，這是第一位台灣人當選國際宗教組織的最高職位(該聯盟有164個國家的221個教會組織所組成，信徒約八千多萬)。另有本教會出身的青年(現就讀於台灣神學院)蔡佳君小姐，於1998年12月，以青年代表的身份入選普世教協(W.C.C)的中央委員。這是本教會極大的光榮。

根據一次教會事工研討會中所討論，大家共同描畫出東門教會的傳統精神有三：
（1）三多（信徒多、土地多、人才多）：信徒總數成人、小孩合計一千人，土地十二筆合計1,583坪，人才方面倍出，有總會議長、總幹事、中會議長、神學院院長、教授、醫院院長、中學校長、夜校主任，有醫生、建築師、律師、老師，也有教育家、美術家、音樂家.....等。
（2）三心（既熱心、愛心及單純的心）：熱心是指事奉的熱忱，愛心是指對信徒的關顧，單純的心是指對上帝的信仰及對牧師的尊重。
（3）三和（既很合作、很和氣、很和諧）：很合作是指會友聽從小會、長執會及各部會的領導，很和氣是指牧師、長執及同工之間的相處很融洽，很和諧是指民主程序的運作和教會秩序的維持很正常。

文章及圖片來源：台南中會