北投教會原於光緒2年(1876)由馬偕牧師在嘎嘮別(註一)創立，後來由教友陳近捐地，傳教士吳威廉在大正1年(1912)設計與建造。現今北投附近的基督長老教會，如錫安、清江、新北投等教會，幾乎都為北投教會信徒所設。是臺北附近僅存的古老教堂之一。

當時北投教會的地點是平埔族北投社，所以早期的信徒多為當地平埔族人。在其歷任的領導者多地方知名人士，如林黑凸為北投社頭目，曾擔任北投教會長老。

而教會與平埔族的互動是台灣近代宗教發展上的珍貴紀錄，北投教會成了其重要見證。馬偕牧師在光緒9年(1883)末快速擴張傳教範圍，但馬偕牧師於明治34年(1901)逝世，教會發展迅速萎縮。北投教會曾一度被日本政府徵收作倉庫用。

北投教會是屬於吳威廉牧師中期階段的建築作品，比起其他時期作品，北投教會顯得十分簡單。可能的因素有，當時的信徒為當地平埔族人，因為他們文化不同，採取一種簡單、親和的風格融入其文化；也懷疑有經費短絀的因素。北投教會坐東朝西，正門面對中央南路，也是古時的主要幹道。教會的平面為寬6.5公尺，深16.5公尺的長方形。教會兩側為磚牆，每隔3.5公尺外牆突出扶壁，用來加強牆體，提高抗震性。

大門入口突出一個寬3公尺，深2公尺的雨庇。入口上方的山牆，紅磚砌出弧形與三角形的組合式天際線。在每2個扶壁之間設有窗子，窗上的牆面有紅磚砌成的三角楣，設計簡單卻點出了西洋古典的風格。北投教會外觀用水泥粉刷的橫帶與牆面上的紅磚形成紅白相間的外型，就像是英國維多利亞時期的鄉間民居。自街上望去，北投教會沒有十分明顯，像是平凡的街屋。這樣巧妙的設計，縮短與民眾的距離，讓教會不會遙不可及，充分展現親和力。

20世紀初年由吳威廉所設計的教堂大多已改建，北投教堂為僅存的例子。現在北投教會仍有運作，因此破壞的狀況不嚴重。是地方上知名的場所，不僅僅是古蹟，也是默默看著地方成長的紀錄者。

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